* ソフトマター生物物理JC [#c88b4339]

** 2019 [#oc352943]
*** 第30回4月2日(火) 13:00〜 [#x04adf69]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:井川敬介(京都大学 iCeMS)
- 担当者:谷口貴志(京都大学 工学研究科)

** 2018 [#oc352943]
*** 第27回10月15日(月) 13:00〜 [#x04adf69]
*** 第29回12月18日(火) 13:00〜 [#x04adf69]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F119
- 担当者:中澤 直高(京都大学iCeMS)
-- Force Triggers YAP Nuclear Entry by Regulating Transport across Nuclear Pores. Cell, Volume 171, Issue 6, 30 November 2017, Pages 1397-1410.e14
- 担当者:山本量一(京都大学 工学研究科)

*** 第28回10月15日(月) 13:00〜 [#x04adf69]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F119
- 担当者:荻田豪士(京都大学 iCeMS, 生命科学研究科)
-- Mongera A, Rowghanian P, Gustafson HJ, Shelton E, Kealhofer DA, Carn EK,
Serwane F, Lucio AA, Giammona J, Campàs O. &br;
A fluid-to-solid jamming transition underlies vertebrate body axis elongation. Nature. 2018;561:401-405.

- 担当者:森下喜弘(理化学研究所)

*** 第27回7月2日(月) 13:00〜 [#x04adf69]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F119
- 担当者:安田修悟(兵庫県立大学シミュレーション学研究科)
-- V. Calvez, B. Perthame, S. Yasuda, &br; “Traveling wave and aggregation in a flux-limited Keller-Segel model”, Kinetic and Related Models (2018).

-担当者:山城佐和子(京都大学 生命科学研究科)
-- H. Mizuno et. al., &br; “Helical rotation of the diaphanous-related formin mDia1 generates actin filaments resistant to cofilin”, PNAS (2018).
-- S. Yamashiro et. al., &br; “Myosin-dependent actin stabilization as revealed by single-molecule imaging of actin turnover”, MBoC (2018).

*** 第26回4月11日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:平島剛志(京都大学医学研究科)
-- R. Sunyer, et al., &br; "Collective cell durotaxis emerges from long-range intercellular force transmission”, Science, (2016)

- 担当者:藪中俊介(京都大学 福井謙一記念研究センター)

-- S. Yabunaka and P. Marcq, &br;  "Cell growth, division, and death in cohesive tissues: A thermodynamic approach”, Phys. Rev. E 96, 022406 (2017) 

-- S. Yabunaka and P. Marcq, &br;   "Emergence of epithelial cell density waves”, Soft Matter, 2017, 13, 7046

** 2017 [#oc352943]
*** 第25回12月19日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:杉村薫(京都大学iCeMS)
-- Pinheiro D, Hannezo E, Herszterg S, Bosveld F, Gaugue I, Balakireva M, Wang Z, Cristo I, Rigaud SU, Markova O, Bellaïche Y.
"Transmission of cytokinesis forces via E-cadherin dilution and actomyosin flows", Nature (2017) &br;
-- Herszterg S, Leibfried A, Bosveld F, Martin C, Bellaiche Y.
"Interplay between the dividing cell and its neighbors regulates adherens junction formation during cytokinesis in epithelial tissue", Dev. Cell (2013)&br;
- 担当者:多羅間 充輔(京都大学 福井謙一記念研究センター)
-- M. Tarama and R. Yamamoto, &br;
"Mechanics of cell crawling by means of force-free cyclic motion", &br;

*** 第24回10月24日(金) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:井川敬介(京都大学iCeMS)
-- Oakes et al. &br;
"Optogenetic control of RhoA reveals zyxin-mediated elasticity of stress fibres", Nature Communications (2017) &br;
- 担当者:谷口貴志(京都大学 工学研究科)

*** 第23回6月30日(金) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:中澤 直高(京都大学iCeMS)
-- Nakazawa N et al., &br;
"Matrix mechanics controls FHL2 movement to the nucleus to activate p21 expression.", &br;
- 担当者:山本量一(京都大学 工学研究科)

*** 第22回3月31日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:谷口大相(京都大学 生命科学研究科)
-- Taniguchi D et al., &br;
"Phase geometries of two-dimensional excitable waves govern self-organized morphodynamics of amoeboid cells.", &br;
- 担当者:森下喜弘(理化学研究所)
-- Morishita Y et al., &br;
"Reconstructing 3D deformation dynamics for curved epithelial sheet morphogenesis from positional data of sparsely-labeled cells.", &br;

** 2016 [#q8bb4921]

*** 第21回12月20日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:多羅間 充輔(京都大学 福井謙一記念研究センター)
- 担当者:石原秀至(明治大学 理工学部)
-- Ishihara S et al., &br;
"From cells to tissue: A continuum model of epithelial mechanics", &br;

*** 第20回9月28日(水) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:杉村薫(京都大学 iCeMS)
-- Monier B et al., &br;
"Apico-basal forces exerted by apoptotic cells drive epithelium folding.", &br;
- 担当者:大山倫弘(京都大学 工学研究科)

*** 第19回6月29日(水) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:山城佐和子(京都大学 生命科学研究科)
- 担当者:安田修悟(兵庫県立大学 シミュレーション学研究科)
-- T. Kodama, et. al., &br;
"Cytoplasmic molecular delivery with shock waves: Importance of Impulse", &br;

*** 第18回3月23日(木) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:井川敬介(京都大学 iCeMS)
-- R. Shrestha et al., &br;
"Mitotic Control of Planar Cell Polarity by Polo-like Kinase 1.", &br;
- 担当者:島伸一郎(兵庫大学)
-- K.Sato, Y. Kuramoto, M. Ohtaki, Y. Shimamoto, and S. Ishiwata ., &br;
"Locally and Globally Coupled Oscillators in Muscle.", &br;
Phys. Rev. Lett. 111, 108104 (2013)

--K. Sato and S. Shima ., &br;
"Various oscillation patterns in phase models with locally attractive and globally repulsive couplings.", &br;
Phys. Rev. E 92, 042922 (2015)

** 2015 [#j40db027]

*** 第17回12月24日(木) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:下林俊典(京都大学 理学研究科)谷口貴志(京都大学 工学研究科)
-- Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi., &br;
"Direct observations of transition dynamics from macro- to micro-phase separation in asymmetric lipid bilayers induced by externally added glycolipids.", &br;
- 担当者:杉村薫(京都大学 iCeMS)
-- Guirao B, Rigaud SU, Bosveld F, Bailles A, Lopez-Gay J, Ishihara S, Sugimura K, Graner F, Bellaïche Y., &br;
"Unified quantitative characterization of epithelial tissue development.", &br;
eLife, e08519 (2015).

*** 第16回 9月29日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:松村繁(京都大学 ウィルス研究所 豊島研)
"細胞分裂方向制御機構の解析." &br;
- 担当者:山本量一(京都大学 工学研究科)
"Physical modeling of crawling cells." &br;

*** 第15回 6月26日(金) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:安田修悟(兵庫県立大学 シミュレーション学研究科)
-- Jonathan Saragosti, Vincent Calvez, Nikolaos Bournaveas, Benoıˆt Perthame, &br;
"Mathematical Description of Bacterial Traveling Pulses", &br;
PLoS Computational Biology 6, e1000890 (2010)
- 担当者:梅嶋宏樹(京都大学 iCeMS 見学研)
--Liu et al., &br;
"Confinement and Low Adhesion Induce Fast Amoeboid Migration of Slow Mesenchymal Cells", &br;
Cell 160, 659–672 (2015).
--Bergert et al., &br;
"Force transmission during adhesion-independent migration", &br;
Nature Cell Biology 17, 525–529 (2015).

*** 第14回 3月26日(木) 13:00〜 [#r1f0de46]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:森下喜弘(理化学研究所)
-- Shinsuke Uda, Takeshi H Saito, Takamasa Kudo, Toshiya Kokaji, Takaho Tsuchiya1, Hiroyuki Kubota, Yasunori Komori, Yu-ichi Ozaki, Shinya Kuroda, &br;
"Robustness and Compensation of Information Transmission of Signaling Pathways", &br;
Science 341, 558-561 (2013).
- 担当者:井川敬介(京都大学iCeMS)
-- Liedewij Laan, Nenad Pavin, Julien Husson, Guillaume Romet-Lemonne, Martijn van Duijn, Magdalena Preciado López, Ronald D. Vale, Frank Jülicher, Samara L. Reck-Peterson, Marileen Dogterom, &br;
"Cortical Dynein Controls Microtubule Dynamics to Generate Pulling Forces that Position Microtubule Asters",  &br;
Cell 148, 502–514 (2012).

** 2014 [#ae28492b]

*** 第13回 12月26日(金) 13:00〜 [#a3455963]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者:石本志高(理化学研究所)
-- C. P. Broedersz, M. Depken, N. Y. Yao, M. R. Pollak, D. A. Weitz, and F. C. MacKintosh, &br;
"Cross-Link-Governed Dynamics of Biopolymer Networks" &br; 
Phys. Rev. Lett. 105, 238101 (2010).
- 担当者:杉村薫(京都大学 iCeMS)
-- Michael Krieg, Alexander R. Dunn and Miriam B. Goodman, &br;
Mechanical control of the sense of touch by beta-spectrin &br;
Nature Cell Biology 16, 224 (2014).
-- Carsten Grashoff, Brenton D. Hoffman, Michael D. Brenner, Ruobo Zhou, Maddy Parsons,
Michael T. Yang, Mark A. McLean, Stephen G. Sligar, Christopher S. Chen, Taekjip Ha, 
and Martin A. Schwartz, &br;
"Measuring mechanical tension across vinculin reveals regulation of focal adhesion dynamics" &br;
Nature 466, 263 (2010).

*** 第12回 10月9日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者: 熱田勇士(京都大学 理学研究科)
-- Nobutaka Hirokawa, Yosuke Tanaka, Yasushi Okada, and Sen Takeda &br;
"Nodal Flow and the Generation of Left-Right Asymmetry" &br;
Cell 125, 33-45 (2006). http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1016/j.cell.2006.03.002
- 担当者:山本量一(京都大学 工学研究科)
-- Juan P. Garrahan &br;
"Dynamic heterogeneity comes to life" &br;
PNAS 108, 4701–4702 (2011).
-- Thomas E. Angelini, Edouard Hannezo, Xavier Trepat, Manuel Marquez, Jeffrey J. Fredberg, and David A. Weitz &br;
"Glass-like dynamics of collective cell migration" &br;
PNAS 108, 4714–4719 (2011).

*** 第11回 7月8日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者: 井川敬介(京都大学iCeMS)
-- Anja Zeigerer,	Jerome Gilleron,	Roman L. Bogorad,	Giovanni Marsico,	Hidenori Nonaka, Sarah Seifert,	Hila Epstein-Barash,	Satya Kuchimanchi,	Chang Geng Peng,	Vera M. Ruda, Perla Del Conte-Zerial,	Jan G. Hengstler,	Yannis Kalaidzidis,	Victor Koteliansky	& Marino Zerial, &br;
"Rab5 is necessary for the biogenesis of the endolysosomal system in vivo", &br;
Nature, 485, 465–470 (2012) .
http://dx.doi.org/10.1038/nature11133 &br;
- 担当者:大山倫弘(京都大学 工学研究科)
-- Stephen Whitelam, Lester O. Hedges, and Jeremy D. Schmit, &br;
"Self_Assembly at a Nonequilibrium Critical Point", &br;
PRL, 112, 155504 (2014).
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.112.155504 &br;

*** 第10回 5月7日(月) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者: 島伸一郎(兵庫大学)
-- 逐次ベイズ推定とデータ同化
- 担当者:谷口貴志(京都大学 工学研究科)
-- J.B. Fournier, N. Khalifat, N. Puff, and M. I. Angelova, &br;
"Chemically Triggered Ejection of Membrane Tubules Controlled by Inter-monolayer Friction", &br;
PRL, 102, 018102 (2009). 

*** 第9回 3月3日(月) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者: 斉藤佳介(京都大学 理学研究科)
-- Honda H, Motosugi N, Nagai T, Tanemura M, Hiiragi T., &br;
"Computer simulation of emerging asymmetry in the mouse blastocyst", &br;
Development, 135, 1407-1414 (2008).
http://dx.doi.org/10.1242/dev.014555 &br;

- 担当者:安田修悟(兵庫県立大学 シミュレーション学研究科)
-- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, B. Perthame, A. Buguin, and P. Silberzan,  &br;
"Directional persistence of chemotactic bacteria in a traveling concentration wave" &br;
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108, 16235 (2011).
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1101996108 &br;
-- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, A. Buguin, P. Silberzan, and B. Perthame,  &br;
"Mathematical description of bacterial traveling pulses" &br;
PLoS Comput. Biol. 6, (2010).
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000890 &br;

** 2013 [#uad7cd09]

*** 第8回 12月12日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者: 熱田勇士(京都大学 理学研究科)
-- G. Venkiteswaran, S.W. Lewellis, J. Wang, E. Reynolds, C. Nicholson, H. Knaut, &br;
"Generation and Dynamics of an Endogenous, Self-Generated Signaling Gradient across a Migrating Tissue", &br;
Cell. 24, 674-87 (2013)

- 担当者:森下喜弘(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)
-- Benjamen A Filas, Philip V. Bayly, and Larry A Taber, &br;
"Mechanical Stress as a Regulator of Cytoskeletal Contractility and Nuclear Shape in Embryonic Epithelia", &br;
Ann. Biomed. Eng. 39, 443–454 (2011) 
-- Amy E. Shyer, Tuomas Tallinen, Nandan L. Nerurkar, Zhiyan Wei, Eun Seok Gil, David L. Kaplan, Clifford J. Tabin, L. Mahadevan, &br;
"Villification: How the Gut Gets Its Villi", &br;
Science 342, 212-218 (2013)

*** 第7回 10月3日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者:石本志高(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)
-- Boris I. Shraiman, &br;
"Mechanical feedback as a possible regulator of tissue growth", &br;
PNAS 102, 3318–3323 (2005)

- 担当者:杉村薫(京都大学 iCeMS)
-- Volker M. Lauschke, Charisios D. Tsiairis, Paul François, and Alexander Aulehla, &br;
"Scaling of embryonic patterning based on phase-gradient encoding", &br;
Nature 493, 101–105 (2013)

*** 第6回 7月9日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者:斉藤佳介(京都大学 理学研究科)
-- M. Behrndt, G. Salbreux, P. Campinho, R. Hauschild, F. Oswald, J. Roensch, S.W. Grill, C.P. Heisenberg, &br;
"Forces driving epithelial spreading in zebrafish gastrulation", &br;
Science 338, 257-60 (2012) 

- 担当者:安田修悟(兵庫県立大学 シミュレーション学研究科)
-- 発泡材料の力学シミュレーションの紹介

*** 第5回 4月16日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者:笠井倫志(京都大学 iCeMS)
-- 論文
- 担当者:山本量一(京都大学 工学研究科)
-- Hirokazu Tanimoto and Masaki Sano, &br;
"Dynamics of Traction Stress Field during Cell Division", &br;
Phys. Rev. Lett. 109, 248110 (2012) 

*** 第4回 2月14日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者:杉村薫(京都大学 iCeMS)
-- Thierry Savin, Natasza A. Kurpios, Amy E. Shyer, Patricia Florescu, Haiyi Liang, L. Mahadevan, and Clifford J. Tabin, &br;
"On the growth and form of the gut", &br;
Nature 476, 57–62 (2011)

- 担当者:谷口貴志(京都大学 工学研究科)
-- Phase field model のレビュー

** 2012 [#pfbc055a]

*** 第3回 11月15日(木) 13:00〜 [#b2ec8fe3]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者:青木一洋(京都大学 生命科学研究科)
-- レビュー: 
-- 論文:Aoki K, Takahashi K, Kaizu K, Matsuda M. &br;
"Experimental validation of the effects of macromolecular crowding on enzymatic reaction: Thermodynamic activity, viscosity and processivity" &br;
Sci Rep. 2013;3:1541. doi: 10.1038/srep01541. 
- 担当者:森下喜弘(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)
-- 論文

*** 第2回 9月14日(金) 13:00〜 [#p9537b68]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者:三浦岳(京都大学 医学研究科)
-- 反応拡散モデルのレビュー &br;
Patrick Müller, Katherine W. Rogers, Ben M. Jordan, Joon S. Lee, Drew Robson, Sharad Ramanathan, Alexander F. Schier, &br;
"Differential Diffusivity of Nodal and Lefty Underlies a Reaction-Diffusion Patterning System", &br;
Science 336, 721-724 (2012) 
http://dx.doi.org/10.1126/science.1221920 &br;
-- Google Drive にアップされたもの &br;

- 担当者:石本志高(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)
-- J. S. Bois, F. Jülicher, and S. W. Grill, &br;
"Pattern Formation in Active Fluids", &br;
Phys. Rev. Lett. 106, 028103 (2011), 
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.106.028103 &br;
-- Google Drive にアップされたもの &br;

*** 第1回 6月28日(木) 14:00〜 [#k4e0d1ea]
- 場所: iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者: 青木一洋,三浦岳,杉村薫,山本量一,玉田真也,森下喜弘,石本志高,石原秀至
- 担当者:杉村薫(京都大学 iCeMS)
-- Goehring NW, Trong PK, Bois JS, Chowdhury D, Nicola EM, Hyman AA, Grill SW.&br;
"Polarization of PAR proteins by advective triggering of a pattern-forming system.", &br;
Science. 2011 Nov 25;334(6059):1137-41. doi: 10.1126/science.1208619.
-- レジュメ
- 担当者:山本量一(京都大学 工学研究科)
-- François A. Detcheverry, Darin Q. Pike, Paul F. Nealey, Marcus Müller, and Juan J. de Pablo, &br;
"Monte Carlo Simulation of Coarse Grain Polymeric Systems", &br;
Phys. Rev. Lett. 102, 197801 (2009)