Backup diff of ry/CESim vs current(No. 9) - Soft Matter Engineering Gr.

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#author("2019-09-29T12:48:51+09:00","mss","mss")
#author("2023-11-29T03:54:41+00:00","mss","mss")
* 化学工学シミュレーション（第1&#12316;10週） [#a22913b8]


** 基本情報 [#hcdee4a2]

- [[シラバス:http://www.t.kyoto-u.ac.jp/syllabus-s/?mode=subject&lang=ja&year=2018&b=7&c=71010]]
- [[シラバス:https://www.k.kyoto-u.ac.jp/teacher/u/t/syllabus/detail?no=11397]]

- 講義室（主）: 総合研究9号館 W201（2019年度はこちらで行います）
- 講義室: 総合研究9号館 W303

- 演習室（副）: 総合研究9号館 第1演習室（2019年度は使用しません）
- 担当教員　　: 山本量一，渡邉　哲

- 担当教員　　: 山本量一

** 授業の予定 [#r5f07967]

演習の日はPCを持参してください．
- 10/01 #01（山本）授業・演習（ノートPC持参）
- 10/02 #02（山本）授業
- 10/15 #03（山本）授業
- 10/29 #04（山本）授業
- 11/05 #05（山本）演習（ノートPC持参，教員不在），レポート１出題
- 11/12 #06（山本）授業
- 11/19 #07（山本）授業
- 11/26 #08（山本）演習（ノートPC持参，教員不在），レポート２出題
- 12/03 #09（山本）授業
- 12/10 #10（山本）授業・演習（ノートPC持参），レポート３出題
- 12/17 #11（）
- 12/24 #12（）
- 01/07 #13（）
- 01/21 #14（）
- 01/28 or 02/04 #15（）
演習には各自のPCを使用してください．
- 10/03 #01（山本）授業01
- 10/10 #02（山本）授業02
- 10/17 #03（山本）演習1（PC使用），レポート１出題
- 10/24 #04（山本）授業03
- 10/31 #05（山本）授業04
- 11/07 #06（山本）授業05
- 11/14 #07（山本）演習2（PC使用），レポート２出題
- 11/21 #08（山本）授業06
- 11/28 #09（山本）授業07
- 12/05 #10（山本）演習3（PC使用），レポート３出題
- 12/12 #11（渡邉）
- 12/19 #12（渡邉）
- 01/09 #13（渡邉）
- 01/16 #14（渡邉）
- 01/30 or 02/06 #15（渡邉）

** 講義の概要 [#y027a4d9]

- 単位はレポートの点数によって決めます。（山本担当分のレポート提出先：yamamoto.ryoichi.6m@kyoto-u.ac.jp ）

- 単位はレポートの点数によって決めます。
- 教室で行う講義に加えて、プログラミング演習を行います。

- プログラミング言語は"Python3"、環境は"Anaconda/Jupyter Notebook"を使います。

- プログラミング言語は"Python3"、環境は"Jupyter Notebook"を使います。
- 演習で用いるコンピュータは以下を想定しています．

++ （デフォルト）各自所有のノートPC(Windows/Mac/Linux)を講義室に持参し（BYOD）、京都大学情報環境機構の[[仮想型端末サービス:http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/ecs/virtual_terminal/]]を経由して、教育用PC端末サービス（Windows 10）を利用する。
++ （臨時）各自所有のノートPCが使用できない場合、京都大学情報環境機構の[[サテライト演習室:http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/ecs/use/satell.html]]に設置されている教育用PC端末（Windows 10）を利用してもよい。
++ （上級者向け）個人所有のPC(Windows/Mac/Linux)に、"Anaconda"をインストールして利用する。以下の情報を参考にしてください。
--- Anacondaの公式HP( https://www.anaconda.com/download/ )より、目的のOS用のAnaconda (Python 3.* version) をダウンロードする。
-- （デフォルト）各自所有のノートPC(Windows/Mac/Linux)を講義室に持参し（BYOD）、京都大学情報環境機構の[[仮想型端末サービス:http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/ecs/virtual_terminal/]]を経由して、教育用PC端末サービス（Windows 11）を利用する。
-- （臨時）各自所有のノートPCが使用できない場合、京都大学情報環境機構の[[サテライト演習室:https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/education/ecs/terminal/satell.html]]に設置されている教育用PC端末（Windows 11）を利用してもよい。
-- （上級者向け）個人所有のPC(Windows/Mac/Linux)に、"Jupyter Notebook"をインストールして利用する。以下の情報を参考にしてください。
--- Anacondaの公式HP( https://www.anaconda.com/products/individual#Downloads )より、目的のOS用のAnaconda (Python 3.* version) をダウンロードする。
--- ダウンロードしたファイルを実行して、Anacondaをインストールする (詳しい手順は https://docs.anaconda.com/anaconda/install/ ).
//--- You can update to the latest version of Anaconda by executing the following commands from the command line (optional).
//   conda update conda 
//   conda update anaconda
- "Jupyter notebook/Python3"は、教育用PC端末サービス（Windows 11）にすでにインストールされています、Windowsを立ち上げ、Startメニュー->Anaconda3 (64-bit)->Jupyter Notebookを選択、あるいはWinowsメニュー->Windows システムツール->コマンドプロンプトを開いて、jupyter notebook とタイプして実行。

- "Jupyter notebook/Python3"は、教育用PC端末サービス（Windows 10）にすでにインストールされています、Windowsを立ち上げ、Startメニュー->Anaconda3 (64-bit)->Jupyter Notebookを選択、あるいはWinowsメニュー->Windows システムツール->コマンドプロンプトを開いて、jupyter notebook とタイプして実行。



** 技術情報 [#ie4d4bee]

- [[教育用PC端末サービス:http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/ecs/]]

- [[Python入門:http://www.tohoho-web.com/python/]]

- [[Jupyter:http://jupyter.org/]]

- [[Try Jupyter without installation:https://jupyter.org/try]]
- その他，ググればたくさん情報があります．それらを有効に活用してください．

-- Jupyterの使い方の簡単な紹介．
http://myenigma.hatenablog.com/entry/2016/02/20/183423

-- グラフを書ために matplolib を使います．授業では基礎的な機能だけ使いますが，やり方次第でいろんなことが出来ます．
http://cflat-inc.hatenablog.com/entry/2014/03/17/214719

** 講義内容 [#i3003446]

- ''講義ノート'' [ [[pdf:http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/doc/RY_ces.pdf]] ]　誤植や誤りは
- ''講義ノート'' [ [[pdf:http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/doc/RY_ces2.pdf]] ]　誤植や誤りは
yamamoto.ryoichi.6m@kyoto-u.ac.jp
宛てにメールで指摘してください。

- ''まとめと演習''　notebook形式で見るには''nbviewer''をクリック，ソースコードをダウンロードするには''ipynb''を右クリック→リンク先を保存

-- ''0. プログラミングの準備'' [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/00_practice.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/00_practice.ipynb]] ]

-- ''1. 常微分方程式'' [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/01_ode.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/01_ode.ipynb]] ]

-- ''2. 偏微分方程式'' [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/02_pde.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/02_pde.ipynb]] ]

-- ''3. 非圧縮Navier-Stokes 方程式'' [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/03_nse.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/03_nse.ipynb]] ]

　　　（以下の内容は自学用、今回の授業では扱わない。）
-（以下の内容は自学用、今回の授業では扱わない。）
-- 4. 行列演算 [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/04_matrix.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/04_matrix.ipynb]] ] 
-- 5. モンテカルロシミュレーション [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/05_mc.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/05_mc.ipynb]] ] 
-- 6. 分子動力学シミュレーション [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/06_md.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/06_md.ipynb]] ] 

-- 4. 行列演算 [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/04_matrix.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/04_matrix.ipynb]] ] （ノート（手書き）[ [[pdf:http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/doc/chap5_hand.PDF]] ]）

-- 5. モンテカルロシミュレーション [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/05_mc.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/05_mc.ipynb]] ] （ノート（手書き）[ [[pdf:http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/doc/chap7&11_hand.PDF]] ]）

-- 6. 分子動力学シミュレーション [ [[''nbviewer'':https://nbviewer.jupyter.org/url/www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/06_md.ipynb?flush_cache=true]] ] [ [[''ipynb'':http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/ipynb/06_md.ipynb]] ] （ノート（手書き）[ [[pdf:http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/p/ryoichi/lec/ces/doc/chap9&12_hand.PDF]] ]）


** 課題レポート [#he785812]

- プログラム演習の結果を課題レポートとする。考察が必要なものについては必ず考察を記載すること。

- 提出先： yamamoto.ryoichi.6m@kyoto-u.ac.jp (必要に応じて適宜ファイルをメールに添付する。全体で5MBを超えるような大きなメールは送らないこと。)

- レポートを提出した人は、必ずメール送信の３日後以降に下の「提出者一覧」に名前があるか確認すること。

- ''メールの本文に「氏名」と「学籍番号」を忘れずに書くこと。''授業に関する要望・感想があれば遠慮せずに書いてください。

- 提出者： [[一覧>ry/CESimRep01]]
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