ソフトマター生物物理JC †
2018 †
第27回10月15日(月) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F119
- 担当者：荻田豪士（京都大学 iCeMS, 生命科学研究科）
- Mongera A, Rowghanian P, Gustafson HJ, Shelton E, Kealhofer DA, Carn EK,
Serwane F, Lucio AA, Giammona J, Campàs O.
A fluid-to-solid jamming transition underlies vertebrate body axis elongation. Nature. 2018;561:401-405.
https://www.nature.com/articles/s41586-018-0479-2
第27回7月2日(月) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F119
- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学シミュレーション学研究科）
- 担当者：山城佐和子（京都大学 生命科学研究科）
- H. Mizuno et. al.,
“Helical rotation of the diaphanous-related formin mDia1 generates actin filaments resistant to cofilin”, PNAS (2018).
- S. Yamashiro et. al.,
“Myosin-dependent actin stabilization as revealed by single-molecule imaging of actin turnover”, MBoC (2018).
第26回4月11日(火) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：平島剛志（京都大学医学研究科）
- 担当者：藪中俊介（京都大学 福井謙一記念研究センター）
2017 †
第25回12月19日(火) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：杉村薫（京都大学iCeMS）
- Pinheiro D, Hannezo E, Herszterg S, Bosveld F, Gaugue I, Balakireva M, Wang Z, Cristo I, Rigaud SU, Markova O, Bellaïche Y.
"Transmission of cytokinesis forces via E-cadherin dilution and actomyosin flows", Nature (2017)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28296858
- Herszterg S, Leibfried A, Bosveld F, Martin C, Bellaiche Y.
"Interplay between the dividing cell and its neighbors regulates adherens junction formation during cytokinesis in epithelial tissue", Dev. Cell (2013)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23410940
- 担当者：多羅間 充輔（京都大学 福井謙一記念研究センター）
第24回10月24日(金) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：井川敬介（京都大学iCeMS）
- 担当者：谷口貴志（京都大学 工学研究科）
第23回6月30日(金) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：中澤 直高（京都大学iCeMS）
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
第22回3月31日(火) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：谷口大相（京都大学 生命科学研究科）
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所）
2016 †
第21回12月20日(火) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：多羅間 充輔（京都大学 福井謙一記念研究センター）
- 担当者：石原秀至（明治大学 理工学部）
第20回9月28日(水) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
- 担当者：大山倫弘（京都大学 工学研究科）
第19回6月29日(水) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：山城佐和子（京都大学 生命科学研究科）
- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
第18回3月23日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：井川敬介（京都大学 iCeMS）
- 担当者：島伸一郎（兵庫大学）
2015 †
第17回12月24日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：下林俊典（京都大学 理学研究科）谷口貴志（京都大学 工学研究科）
- Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi.,
"Direct observations of transition dynamics from macro- to micro-phase separation in asymmetric lipid bilayers induced by externally added glycolipids.",
http://arxiv.org/abs/1504.03038
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
- Guirao B, Rigaud SU, Bosveld F, Bailles A, Lopez-Gay J, Ishihara S, Sugimura K, Graner F, Bellaïche Y.,
"Unified quantitative characterization of epithelial tissue development.",
eLife, e08519 (2015).
http://elifesciences.org/content/early/2015/12/15/eLife.08519
第16回 9月29日（火） 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：松村繁（京都大学 ウィルス研究所 豊島研）
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
- "Physical modeling of crawling cells."
第15回 6月26日(金) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
- Jonathan Saragosti, Vincent Calvez, Nikolaos Bournaveas, Benoıˆt Perthame,
"Mathematical Description of Bacterial Traveling Pulses",
PLoS Computational Biology 6, e1000890 (2010)
- 担当者：梅嶋宏樹（京都大学 iCeMS 見学研）
- Liu et al.,
"Confinement and Low Adhesion Induce Fast Amoeboid Migration of Slow Mesenchymal Cells",
Cell 160, 659–672 (2015).
- Bergert et al.,
"Force transmission during adhesion-independent migration",
Nature Cell Biology 17, 525–529 (2015).
第14回 3月26日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所）
- Shinsuke Uda, Takeshi H Saito, Takamasa Kudo, Toshiya Kokaji, Takaho Tsuchiya1, Hiroyuki Kubota, Yasunori Komori, Yu-ichi Ozaki, Shinya Kuroda,
"Robustness and Compensation of Information Transmission of Signaling Pathways",
Science 341, 558-561 (2013).
http://www.sciencemag.org/content/341/6145/558.short
- 担当者：井川敬介（京都大学iCeMS）
- Liedewij Laan, Nenad Pavin, Julien Husson, Guillaume Romet-Lemonne, Martijn van Duijn, Magdalena Preciado López, Ronald D. Vale, Frank Jülicher, Samara L. Reck-Peterson, Marileen Dogterom,
"Cortical Dynein Controls Microtubule Dynamics to Generate Pulling Forces that Position Microtubule Asters",
Cell 148, 502–514 (2012).
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741200013X
2014 †
第13回 12月26日(金) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：石本志高（理化学研究所）
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
- Michael Krieg, Alexander R. Dunn and Miriam B. Goodman,
Mechanical control of the sense of touch by beta-spectrin
Nature Cell Biology 16, 224 (2014).
http://dx.doi.org/10.1038/ncb2915
- Carsten Grashoff, Brenton D. Hoffman, Michael D. Brenner, Ruobo Zhou, Maddy Parsons,
Michael T. Yang, Mark A. McLean?, Stephen G. Sligar, Christopher S. Chen, Taekjip Ha,
and Martin A. Schwartz,
"Measuring mechanical tension across vinculin reveals regulation of focal adhesion dynamics"
Nature 466, 263 (2010).
www.nature.com/doifinder/10.1038/nature09198
第12回 10月9日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者： 熱田勇士（京都大学 理学研究科）
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
第11回 7月8日(火) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者： 井川敬介（京都大学iCeMS）
- Anja Zeigerer, Jerome Gilleron, Roman L. Bogorad, Giovanni Marsico, Hidenori Nonaka, Sarah Seifert, Hila Epstein-Barash, Satya Kuchimanchi, Chang Geng Peng, Vera M. Ruda, Perla Del Conte-Zerial, Jan G. Hengstler, Yannis Kalaidzidis, Victor Koteliansky & Marino Zerial,
"Rab5 is necessary for the biogenesis of the endolysosomal system in vivo",
Nature, 485, 465–470 (2012) .
http://dx.doi.org/10.1038/nature11133
- 担当者：大山倫弘（京都大学 工学研究科）
第10回 5月7日(月) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者： 島伸一郎（兵庫大学）
- 担当者：谷口貴志（京都大学 工学研究科）
- J.B. Fournier, N. Khalifat, N. Puff, and M. I. Angelova,
"Chemically Triggered Ejection of Membrane Tubules Controlled by Inter-monolayer Friction",
PRL, 102, 018102 (2009).
第9回 3月3日(月) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者： 斉藤佳介（京都大学 理学研究科）
- Honda H, Motosugi N, Nagai T, Tanemura M, Hiiragi T.,
"Computer simulation of emerging asymmetry in the mouse blastocyst",
Development, 135, 1407-1414 (2008).
http://dx.doi.org/10.1242/dev.014555
マウスの初期発生において，一番最初に起きる軸形成をコンピュータでシミュレートし，均一な材料から異方性のある構造を生み出すことができることを示した．
- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, B. Perthame, A. Buguin, and P. Silberzan,
"Directional persistence of chemotactic bacteria in a traveling concentration wave"
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108, 16235 (2011).
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1101996108
- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, A. Buguin, P. Silberzan, and B. Perthame,
"Mathematical description of bacterial traveling pulses"
PLoS Comput. Biol. 6, (2010).
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000890
走化性バクテリアの集団挙動のモデリングに関する論文．流体力学で稀に使われる運動論というアプローチをアクティブ粒子に応用してモデルを作っている．
2013 †
第8回 12月12日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者： 熱田勇士（京都大学 理学研究科）
- G. Venkiteswaran, S.W. Lewellis, J. Wang, E. Reynolds, C. Nicholson, H. Knaut,
"Generation and Dynamics of an Endogenous, Self-Generated Signaling Gradient across a Migrating Tissue",
Cell. 24, 674-87 (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2013.09.046
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
- Benjamen A Filas, Philip V. Bayly, and Larry A Taber,
"Mechanical Stress as a Regulator of Cytoskeletal Contractility and Nuclear Shape in Embryonic Epithelia",
Ann. Biomed. Eng. 39, 443–454 (2011)
http://dx.doi.org/10.1007%2Fs10439-010-0171-7
- Amy E. Shyer, Tuomas Tallinen, Nandan L. Nerurkar, Zhiyan Wei, Eun Seok Gil, David L. Kaplan, Clifford J. Tabin, L. Mahadevan,
"Villification: How the Gut Gets Its Villi",
Science 342, 212-218 (2013)
http://dx.doi.org/10.1126/science.1238842
第7回 10月3日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
- 担当者：石本志高（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
- Volker M. Lauschke, Charisios D. Tsiairis, Paul François, and Alexander Aulehla,
"Scaling of embryonic patterning based on phase-gradient encoding",
Nature 493, 101–105 (2013)
http://dx.doi.org/10.1038/nature11804
第6回 7月9日(火) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
- 担当者：斉藤佳介（京都大学 理学研究科）
- M. Behrndt, G. Salbreux, P. Campinho, R. Hauschild, F. Oswald, J. Roensch, S.W. Grill, C.P. Heisenberg,
"Forces driving epithelial spreading in zebrafish gastrulation",
Science 338, 257-60 (2012)
http://dx.doi.org/10.1126/science.1224143
- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
第5回 4月16日(火) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
- 担当者：笠井倫志（京都大学 iCeMS）
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
第4回 2月14日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
- Thierry Savin, Natasza A. Kurpios, Amy E. Shyer, Patricia Florescu, Haiyi Liang, L. Mahadevan, and Clifford J. Tabin,
"On the growth and form of the gut",
Nature 476, 57–62 (2011)
http://dx.doi.org/10.1038/nature10277
2012 †
第3回 11月15日(木) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
- 担当者：青木一洋（京都大学 生命科学研究科）
- レビュー：
- 論文：Aoki K, Takahashi K, Kaizu K, Matsuda M.
"Experimental validation of the effects of macromolecular crowding on enzymatic reaction: Thermodynamic activity, viscosity and processivity"
Sci Rep. 2013;3:1541. doi: 10.1038/srep01541.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23528948
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
第2回 9月14日(金) 13:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
- 担当者：三浦岳（京都大学 医学研究科）
- 担当者：石本志高（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
第1回 6月28日(木) 14:00〜 †
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
- Goehring NW, Trong PK, Bois JS, Chowdhury D, Nicola EM, Hyman AA, Grill SW.
"Polarization of PAR proteins by advective triggering of a pattern-forming system.",
Science. 2011 Nov 25;334(6059):1137-41. doi: 10.1126/science.1208619.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22021673
- レジュメ
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
