* ソフトマター生物物理JC [#c88b4339]

** 2017 [#oc352943]
*** 第25回12月19日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：杉村薫（京都大学iCeMS）
- 担当者：多羅間 充輔（京都大学　福井謙一記念研究センター）

*** 第24回10月24日(金) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：井川敬介（京都大学iCeMS）
- 担当者：谷口貴志（京都大学 工学研究科）

*** 第23回6月30日(金) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：中澤 直高（京都大学iCeMS）
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）

*** 第22回3月31日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：谷口大相（京都大学　生命科学研究科）
-- Taniguchi D et al., &br;
"Phase geometries of two-dimensional excitable waves govern self-organized morphodynamics of amoeboid cells.", &br;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23479620
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所）
-- Morishita Y et al., &br;
"Reconstructing 3D deformation dynamics for curved epithelial sheet morphogenesis from positional data of sparsely-labeled cells.", &br;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28465614

** 2016 [#q8bb4921]

*** 第21回12月20日(火) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：多羅間 充輔（京都大学　福井謙一記念研究センター）
- 担当者：石原秀至（明治大学 理工学部）
-- Ishihara S et al., &br;
"From cells to tissue: A continuum model of epithelial mechanics", &br;
https://arxiv.org/abs/1611.05707

*** 第20回9月28日(水) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：杉村薫（京都大学　iCeMS）
-- Monier B et al., &br;
"Apico-basal forces exerted by apoptotic cells drive epithelium folding.", &br;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25607361
- 担当者：大山倫弘（京都大学 工学研究科）

*** 第19回6月29日(水) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：山城佐和子（京都大学　生命科学研究科）
- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）

*** 第18回3月23日(木) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：井川敬介（京都大学　iCeMS）
-- R. Shrestha et al., &br;
"Mitotic Control of Planar Cell Polarity by Polo-like Kinase 1.", &br;
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1534580715002208
-- 
- 担当者：島伸一郎（兵庫大学）
-- K.Sato, Y. Kuramoto, M. Ohtaki, Y. Shimamoto, and S. Ishiwata ., &br;
"Locally and Globally Coupled Oscillators in Muscle.", &br;
Phys. Rev. Lett. 111, 108104 (2013)
http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.111.108104

--K. Sato and S. Shima ., &br;
"Various oscillation patterns in phase models with locally attractive and globally repulsive couplings.", &br;
Phys. Rev. E 92, 042922 (2015)
http://journals.aps.org/pre/abstract/10.1103/PhysRevE.92.042922


** 2015 [#j40db027]

*** 第17回12月24日(木) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：下林俊典（京都大学 理学研究科）谷口貴志（京都大学 工学研究科）
-- Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi., &br;
"Direct observations of transition dynamics from macro- to micro-phase separation in asymmetric lipid bilayers induced by externally added glycolipids.", &br;
http://arxiv.org/abs/1504.03038
-- 
- 担当者：杉村薫（京都大学　iCeMS）
-- Guirao B, Rigaud SU, Bosveld F, Bailles A, Lopez-Gay J, Ishihara S, Sugimura K, Graner F, Bellaïche Y., &br;
"Unified quantitative characterization of epithelial tissue development.", &br;
eLife, e08519 (2015).
http://elifesciences.org/content/early/2015/12/15/eLife.08519

*** 第16回 9月29日（火） 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：松村繁（京都大学　ウィルス研究所　豊島研）
-- 
"細胞分裂方向制御機構の解析." &br;
-- 
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
-- 
"Physical modeling of crawling cells." &br;

*** 第15回 6月26日(金) 13:00〜 [#qb268bc3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
-- Jonathan Saragosti, Vincent Calvez, Nikolaos Bournaveas, Benoıˆt Perthame, &br;
"Mathematical Description of Bacterial Traveling Pulses", &br;
PLoS Computational Biology 6, e1000890 (2010)
- 担当者：梅嶋宏樹（京都大学　iCeMS　見学研）
--Liu et al., &br;
"Confinement and Low Adhesion Induce Fast Amoeboid Migration of Slow Mesenchymal Cells", &br;
Cell 160, 659–672 (2015).
--Bergert et al., &br;
"Force transmission during adhesion-independent migration", &br;
Nature Cell Biology 17, 525–529 (2015).

*** 第14回 3月26日(木) 13:00〜 [#r1f0de46]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所）
-- Shinsuke Uda, Takeshi H Saito, Takamasa Kudo, Toshiya Kokaji, Takaho Tsuchiya1, Hiroyuki Kubota, Yasunori Komori, Yu-ichi Ozaki, Shinya Kuroda, &br;
"Robustness and Compensation of Information Transmission of Signaling Pathways", &br;
Science 341, 558-561 (2013).
http://www.sciencemag.org/content/341/6145/558.short
- 担当者：井川敬介（京都大学iCeMS）
-- Liedewij Laan, Nenad Pavin, Julien Husson, Guillaume Romet-Lemonne, Martijn van Duijn, Magdalena Preciado López, Ronald D. Vale, Frank Jülicher, Samara L. Reck-Peterson, Marileen Dogterom, &br;
"Cortical Dynein Controls Microtubule Dynamics to Generate Pulling Forces that Position Microtubule Asters",  &br;
Cell 148, 502–514 (2012).
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741200013X

** 2014 [#ae28492b]

*** 第13回 12月26日(金) 13:00〜 [#a3455963]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者：石本志高（理化学研究所）
-- C. P. Broedersz, M. Depken, N. Y. Yao, M. R. Pollak, D. A. Weitz, and F. C. MacKintosh, &br;
"Cross-Link-Governed Dynamics of Biopolymer Networks" &br; 
Phys. Rev. Lett. 105, 238101 (2010).
http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.105.238101
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
-- Michael Krieg, Alexander R. Dunn and Miriam B. Goodman, &br;
Mechanical control of the sense of touch by beta-spectrin &br;
Nature Cell Biology 16, 224 (2014).
http://dx.doi.org/10.1038/ncb2915
-- Carsten Grashoff, Brenton D. Hoffman, Michael D. Brenner, Ruobo Zhou, Maddy Parsons,
Michael T. Yang, Mark A. McLean, Stephen G. Sligar, Christopher S. Chen, Taekjip Ha, 
and Martin A. Schwartz, &br;
"Measuring mechanical tension across vinculin reveals regulation of focal adhesion dynamics" &br;
Nature 466, 263 (2010).
www.nature.com/doifinder/10.1038/nature09198

*** 第12回 10月9日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者： 熱田勇士（京都大学 理学研究科）
-- Nobutaka Hirokawa, Yosuke Tanaka, Yasushi Okada, and Sen Takeda &br;
"Nodal Flow and the Generation of Left-Right Asymmetry" &br;
Cell 125, 33-45 (2006). http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1016/j.cell.2006.03.002
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
-- Juan P. Garrahan &br;
"Dynamic heterogeneity comes to life" &br;
PNAS 108, 4701–4702 (2011).
http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1101436108
-- Thomas E. Angelini, Edouard Hannezo, Xavier Trepat, Manuel Marquez, Jeffrey J. Fredberg, and David A. Weitz &br;
"Glass-like dynamics of collective cell migration" &br;
PNAS 108, 4714–4719 (2011).
http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1010059108

*** 第11回 7月8日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 井川敬介（京都大学iCeMS）
-- Anja Zeigerer,	Jerome Gilleron,	Roman L. Bogorad,	Giovanni Marsico,	Hidenori Nonaka, Sarah Seifert,	Hila Epstein-Barash,	Satya Kuchimanchi,	Chang Geng Peng,	Vera M. Ruda, Perla Del Conte-Zerial,	Jan G. Hengstler,	Yannis Kalaidzidis,	Victor Koteliansky	& Marino Zerial, &br;
"Rab5 is necessary for the biogenesis of the endolysosomal system in vivo", &br;
Nature, 485, 465–470 (2012) .
http://dx.doi.org/10.1038/nature11133 &br;
- 担当者：大山倫弘（京都大学 工学研究科）
-- Stephen Whitelam, Lester O. Hedges, and Jeremy D. Schmit, &br;
"Self_Assembly at a Nonequilibrium Critical Point", &br;
PRL, 112, 155504 (2014).
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.112.155504 &br;

*** 第10回 5月7日(月) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 島伸一郎（兵庫大学）
-- 逐次ベイズ推定とデータ同化
- 担当者：谷口貴志（京都大学 工学研究科）
-- J.B. Fournier, N. Khalifat, N. Puff, and M. I. Angelova, &br;
"Chemically Triggered Ejection of Membrane Tubules Controlled by Inter-monolayer Friction", &br;
PRL, 102, 018102 (2009). 

*** 第9回 3月3日(月) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 斉藤佳介（京都大学 理学研究科）
-- Honda H, Motosugi N, Nagai T, Tanemura M, Hiiragi T., &br;
"Computer simulation of emerging asymmetry in the mouse blastocyst", &br;
Development, 135, 1407-1414 (2008).
http://dx.doi.org/10.1242/dev.014555 &br;
マウスの初期発生において，一番最初に起きる軸形成をコンピュータでシミュレートし，均一な材料から異方性のある構造を生み出すことができることを示した．

- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
-- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, B. Perthame, A. Buguin, and P. Silberzan,  &br;
"Directional persistence of chemotactic bacteria in a traveling concentration wave" &br;
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108, 16235 (2011).
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1101996108 &br;
-- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, A. Buguin, P. Silberzan, and B. Perthame,  &br;
"Mathematical description of bacterial traveling pulses" &br;
PLoS Comput. Biol. 6, (2010).
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000890 &br;
走化性バクテリアの集団挙動のモデリングに関する論文．流体力学で稀に使われる運動論というアプローチをアクティブ粒子に応用してモデルを作っている．

** 2013 [#uad7cd09]

*** 第8回 12月12日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 熱田勇士（京都大学 理学研究科）
-- G. Venkiteswaran, S.W. Lewellis, J. Wang, E. Reynolds, C. Nicholson, H. Knaut, &br;
"Generation and Dynamics of an Endogenous, Self-Generated Signaling Gradient across a Migrating Tissue", &br;
Cell. 24, 674-87 (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2013.09.046

- 担当者：森下喜弘（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- Benjamen A Filas, Philip V. Bayly, and Larry A Taber, &br;
"Mechanical Stress as a Regulator of Cytoskeletal Contractility and Nuclear Shape in Embryonic Epithelia", &br;
Ann. Biomed. Eng. 39, 443–454 (2011) 
http://dx.doi.org/10.1007%2Fs10439-010-0171-7 
-- Amy E. Shyer, Tuomas Tallinen, Nandan L. Nerurkar, Zhiyan Wei, Eun Seok Gil, David L. Kaplan, Clifford J. Tabin, L. Mahadevan, &br;
"Villification: How the Gut Gets Its Villi", &br;
Science 342, 212-218 (2013)
http://dx.doi.org/10.1126/science.1238842

*** 第7回 10月3日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：石本志高（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- Boris I. Shraiman, &br;
"Mechanical feedback as a possible regulator of tissue growth", &br;
PNAS 102, 3318–3323 (2005)
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0404782102

- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
-- Volker M. Lauschke, Charisios D. Tsiairis, Paul François, and Alexander Aulehla, &br;
"Scaling of embryonic patterning based on phase-gradient encoding", &br;
Nature 493, 101–105 (2013)
http://dx.doi.org/10.1038/nature11804 

*** 第6回 7月9日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：斉藤佳介（京都大学 理学研究科）
-- M. Behrndt, G. Salbreux, P. Campinho, R. Hauschild, F. Oswald, J. Roensch, S.W. Grill, C.P. Heisenberg, &br;
"Forces driving epithelial spreading in zebrafish gastrulation", &br;
Science 338, 257-60 (2012) 
http://dx.doi.org/10.1126/science.1224143

- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
-- 発泡材料の力学シミュレーションの紹介

*** 第5回 4月16日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：笠井倫志（京都大学 iCeMS）
-- 論文
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
-- Hirokazu Tanimoto and Masaki Sano, &br;
"Dynamics of Traction Stress Field during Cell Division", &br;
Phys. Rev. Lett. 109, 248110 (2012) 
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.109.248110

*** 第4回 2月14日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
-- Thierry Savin, Natasza A. Kurpios, Amy E. Shyer, Patricia Florescu, Haiyi Liang, L. Mahadevan, and Clifford J. Tabin, &br;
"On the growth and form of the gut", &br;
Nature 476, 57–62 (2011)
http://dx.doi.org/10.1038/nature10277 

- 担当者：谷口貴志（京都大学 工学研究科）
-- Phase field model のレビュー

** 2012 [#pfbc055a]

*** 第3回 11月15日(木) 13:00〜 [#b2ec8fe3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：青木一洋（京都大学 生命科学研究科）
-- レビュー： 
-- 論文：Aoki K, Takahashi K, Kaizu K, Matsuda M. &br;
"Experimental validation of the effects of macromolecular crowding on enzymatic reaction: Thermodynamic activity, viscosity and processivity" &br;
Sci Rep. 2013;3:1541. doi: 10.1038/srep01541. 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23528948
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- 論文

*** 第2回 9月14日(金) 13:00〜 [#p9537b68]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：三浦岳（京都大学 医学研究科）
-- 反応拡散モデルのレビュー &br;
Patrick Müller, Katherine W. Rogers, Ben M. Jordan, Joon S. Lee, Drew Robson, Sharad Ramanathan, Alexander F. Schier, &br;
"Differential Diffusivity of Nodal and Lefty Underlies a Reaction-Diffusion Patterning System", &br;
Science 336, 721-724 (2012) 
http://dx.doi.org/10.1126/science.1221920 &br;
-- Google Drive にアップされたもの &br;
https://docs.google.com/file/d/0B2y2f2MVEDKyNVZuVkhqTnBUN28/edit

- 担当者：石本志高（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- J. S. Bois, F. Jülicher, and S. W. Grill, &br;
"Pattern Formation in Active Fluids", &br;
Phys. Rev. Lett. 106, 028103 (2011), 
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.106.028103 &br;
-- Google Drive にアップされたもの &br;
https://docs.google.com/file/d/0B2y2f2MVEDKyY1NyVno3VnNNamM/edit

*** 第1回 6月28日(木) 14:00〜 [#k4e0d1ea]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者: 青木一洋，三浦岳，杉村薫，山本量一，玉田真也，森下喜弘，石本志高，石原秀至
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
-- Goehring NW, Trong PK, Bois JS, Chowdhury D, Nicola EM, Hyman AA, Grill SW.&br;
"Polarization of PAR proteins by advective triggering of a pattern-forming system.", &br;
Science. 2011 Nov 25;334(6059):1137-41. doi: 10.1126/science.1208619.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22021673
-- レジュメ
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
-- François A. Detcheverry, Darin Q. Pike, Paul F. Nealey, Marcus Müller, and Juan J. de Pablo, &br;
"Monte Carlo Simulation of Coarse Grain Polymeric Systems", &br;
Phys. Rev. Lett. 102, 197801 (2009)
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.102.197801