* ソフトマター生物物理JC [#c88b4339]

** 2014 [#ae28492b]
*** 第12回 10月9日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
- 担当者： 熱田勇士（京都大学 理学研究科）
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）

*** 第11回 7月8日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 井川敬介（京都大学iCeMS）
-- Stephen Whitelam, Lester O. Hedges, and Jeremy D. Schmit, &br;
"Rab5 is necessary for the biogenesis of the endolysosomal system in vivo", &br;
Nature, 485, 465–470 (2012) .
10.1038/nature11133 &br;
- 担当者：大山倫弘（京都大学 工学研究科）
-- Stephen Whitelam, Lester O. Hedges, and Jeremy D. Schmit, &br;
"Self_Assembly at a Nonequilibrium Critical Point", &br;
PRL, 112, 155504 (2014).
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.112.155504 &br;

*** 第10回 5月7日(月) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 島伸一郎（兵庫大学）
-- 逐次ベイズ推定とデータ同化
- 担当者：谷口貴志（京都大学 工学研究科）
-- J.B. Fournier, N. Khalifat, N. Puff, and M. I. Angelova, &br;
"Chemically Triggered Ejection of Membrane Tubules Controlled by Inter-monolayer Friction", &br;
PRL, 102, 018102 (2009). 

*** 第9回 3月3日(月) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 斉藤佳介（京都大学 理学研究科）
-- Honda H, Motosugi N, Nagai T, Tanemura M, Hiiragi T., &br;
"Computer simulation of emerging asymmetry in the mouse blastocyst", &br;
Development, 135, 1407-1414 (2008).
http://dx.doi.org/10.1242/dev.014555 &br;
マウスの初期発生において，一番最初に起きる軸形成をコンピュータでシミュレートし，均一な材料から異方性のある構造を生み出すことができることを示した．

- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
-- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, B. Perthame, A. Buguin, and P. Silberzan,  &br;
"Directional persistence of chemotactic bacteria in a traveling concentration wave" &br;
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108, 16235 (2011).
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1101996108 &br;
-- J. Saragosti, V. Calvez, N. Bournaveas, A. Buguin, P. Silberzan, and B. Perthame,  &br;
"Mathematical description of bacterial traveling pulses" &br;
PLoS Comput. Biol. 6, (2010).
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000890 &br;
走化性バクテリアの集団挙動のモデリングに関する論文．流体力学で稀に使われる運動論というアプローチをアクティブ粒子に応用してモデルを作っている．

** 2013 [#uad7cd09]

*** 第8回 12月12日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館1F118
//- 参加者:
- 担当者： 熱田勇士（京都大学 理学研究科）
-- G. Venkiteswaran, S.W. Lewellis, J. Wang, E. Reynolds, C. Nicholson, H. Knaut, &br;
"Generation and Dynamics of an Endogenous, Self-Generated Signaling Gradient across a Migrating Tissue", &br;
Cell. 24, 674-87 (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2013.09.046

- 担当者：森下喜弘（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- Benjamen A Filas, Philip V. Bayly, and Larry A Taber, &br;
"Mechanical Stress as a Regulator of Cytoskeletal Contractility and Nuclear Shape in Embryonic Epithelia", &br;
Ann. Biomed. Eng. 39, 443–454 (2011) 
http://dx.doi.org/10.1007%2Fs10439-010-0171-7 
-- Amy E. Shyer, Tuomas Tallinen, Nandan L. Nerurkar, Zhiyan Wei, Eun Seok Gil, David L. Kaplan, Clifford J. Tabin, L. Mahadevan, &br;
"Villification: How the Gut Gets Its Villi", &br;
Science 342, 212-218 (2013)
http://dx.doi.org/10.1126/science.1238842

*** 第7回 10月3日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：石本志高（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- Boris I. Shraiman, &br;
"Mechanical feedback as a possible regulator of tissue growth", &br;
PNAS 102, 3318–3323 (2005)
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0404782102

- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
-- Volker M. Lauschke, Charisios D. Tsiairis, Paul François, and Alexander Aulehla, &br;
"Scaling of embryonic patterning based on phase-gradient encoding", &br;
Nature 493, 101–105 (2013)
http://dx.doi.org/10.1038/nature11804 

*** 第6回 7月9日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：斉藤佳介（京都大学 理学研究科）
-- M. Behrndt, G. Salbreux, P. Campinho, R. Hauschild, F. Oswald, J. Roensch, S.W. Grill, C.P. Heisenberg, &br;
"Forces driving epithelial spreading in zebrafish gastrulation", &br;
Science 338, 257-60 (2012) 
http://dx.doi.org/10.1126/science.1224143

- 担当者：安田修悟（兵庫県立大学 シミュレーション学研究科）
-- 発泡材料の力学シミュレーションの紹介

*** 第5回 4月16日(火) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：笠井倫志（京都大学 iCeMS）
-- 論文
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
-- Hirokazu Tanimoto and Masaki Sano, &br;
"Dynamics of Traction Stress Field during Cell Division", &br;
Phys. Rev. Lett. 109, 248110 (2012) 
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.109.248110

*** 第4回 2月14日(木) 13:00〜 [#f8eea834]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
-- Thierry Savin, Natasza A. Kurpios, Amy E. Shyer, Patricia Florescu, Haiyi Liang, L. Mahadevan, and Clifford J. Tabin, &br;
"On the growth and form of the gut", &br;
Nature 476, 57–62 (2011)
http://dx.doi.org/10.1038/nature10277 

- 担当者：谷口貴志（京都大学 工学研究科）
-- Phase field model のレビュー

** 2012 [#pfbc055a]

*** 第3回 11月15日(木) 13:00〜 [#b2ec8fe3]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：青木一洋（京都大学 生命科学研究科）
-- レビュー： 
-- 論文：Aoki K, Takahashi K, Kaizu K, Matsuda M. &br;
"Experimental validation of the effects of macromolecular crowding on enzymatic reaction: Thermodynamic activity, viscosity and processivity" &br;
Sci Rep. 2013;3:1541. doi: 10.1038/srep01541. 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23528948
- 担当者：森下喜弘（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- 論文

*** 第2回 9月14日(金) 13:00〜 [#p9537b68]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者:
- 担当者：三浦岳（京都大学 医学研究科）
-- 反応拡散モデルのレビュー &br;
Patrick Müller, Katherine W. Rogers, Ben M. Jordan, Joon S. Lee, Drew Robson, Sharad Ramanathan, Alexander F. Schier, &br;
"Differential Diffusivity of Nodal and Lefty Underlies a Reaction-Diffusion Patterning System", &br;
Science 336, 721-724 (2012) 
http://dx.doi.org/10.1126/science.1221920 &br;
-- Google Drive にアップされたもの &br;
https://docs.google.com/file/d/0B2y2f2MVEDKyNVZuVkhqTnBUN28/edit

- 担当者：石本志高（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
-- J. S. Bois, F. Jülicher, and S. W. Grill, &br;
"Pattern Formation in Active Fluids", &br;
Phys. Rev. Lett. 106, 028103 (2011), 
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.106.028103 &br;
-- Google Drive にアップされたもの &br;
https://docs.google.com/file/d/0B2y2f2MVEDKyY1NyVno3VnNNamM/edit

*** 第1回 6月28日(木) 14:00〜 [#k4e0d1ea]
- 場所： iCeMS総合研究棟1号館4Fラウンジ
//- 参加者: 青木一洋，三浦岳，杉村薫，山本量一，玉田真也，森下喜弘，石本志高，石原秀至
- 担当者：杉村薫（京都大学 iCeMS）
-- Goehring NW, Trong PK, Bois JS, Chowdhury D, Nicola EM, Hyman AA, Grill SW.&br;
"Polarization of PAR proteins by advective triggering of a pattern-forming system.", &br;
Science. 2011 Nov 25;334(6059):1137-41. doi: 10.1126/science.1208619.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22021673
-- レジュメ
- 担当者：山本量一（京都大学 工学研究科）
-- François A. Detcheverry, Darin Q. Pike, Paul F. Nealey, Marcus Müller, and Juan J. de Pablo, &br;
"Monte Carlo Simulation of Coarse Grain Polymeric Systems", &br;
Phys. Rev. Lett. 102, 197801 (2009)
http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.102.197801